Одним из важнейших памятников фортификационного и военно-технического искусства советской эпохи является Музей подводных лодок, который находится на западном горном склоне бухты Балаклавы.
Музей был возведен в период с 1957 по 1961 годы. Его предназначение заключалось в том, чтобы защитить от возможной ядерной атаки противника советские подводные лодки, командный пункт и ремонтную базу подводного Черноморского флота. Также, помимо завода, располагающегося под землей, был возведен объект под кодовым числом 820 – штольни, выступающие в роли хранилищ ядерных боеприпасов и топлива. На тот период это был первый комплекс в СССР, находящийся под землей и предназначенный для ремонта и укрытия подводных лодок. Долгое время он оставался единственным.Комплекс был рассчитан на одновременное размещение семи подводных лодок и представлял собой своеобразное «гнездо». В скале был прорублен подземный сухой док, где и проводился лодочный ремонт. Подводная лодка сначала своим ходом заходила из Балаклавской бухты в канал, а потом производила перемещение по штольне общей протяженностью около пятисот метров с помощью специальной системы лебедок и тросов. Завод возводился согласно требованиям первой категории защиты противоатомного отношения. Его подземный сухой док имел такие параметры: длина – 70 м, глубина – 7,5 м и ширина – 10 м. Там же находились большие производственные площади. Диаметр штольни в самом широком ее месте достигал 22 м. Плавучий батопорт, весивший много тонн, плотно перекрывал вход в штольню со стороны Балаклавской бухты. Его специально поддували для этого, и он всплывал. Сам вход со стороны бухты подвергся тщательной маскировке. Подземный комплекс находился в полной изоляции от внешней среды. Даже если бы на комплекс упала атомная бомба, чей вес не превышал 100 килотонн, комплекс остался бы в целости и сохранности, настолько мощна была защита его стен. В самой высокой точке внутренних помещений комплекс достигал высоты, равной высоте трехэтажного дома.
Несколько севернее было возведено тщательно защищенное хранилище для топлива, а южнее, около подземного канала, хранилище для ядерных припасов – спецсклад. Вместительность хранилища для топлива позволяла хранить там до 4 тысяч тонн различных нефтепродуктов. Само хранилище представляло собой вертикальные емкости, размещенные под землей. Над хранилищем нависало много метров скального грунта. От его входа к подземному причалу вела узкоколейная дорога. По ней возили торпеды, запчасти, продовольствие, необходимые грузы и артиллерийский боеприпас. Там же располагалась мастерская, в которой ремонтировали детали и узлы кораблей, а также осуществляли их профилактический осмотр. Специальное сооружение, состоящее из сборных железобетонных плит, плотно закрывало выход из канала с запада. Плиты были 10 м в длину, 2 м в ширину и 7 м в высоту.